Премиерата на първия сезон се проведе в Съединените щати на 16 Юли 2004 . Експедиция под командването на д-р Елизабет Уиър се отправя към града на древните, наричан Атлантида. Експедицията от Земята доста бързо попада в сериозна беда в галактиката Пегас и те биват принудени да търсят съюзници в тази нова галактика, но заедно с новите си приятели те се сдобиват и с нови врагове, наричани Призраците. Откъснати от Земята, екипът трябва със собствените си сили да опита да се справи с технологиите на древните и да намери начин да се защити от Призраците. Майор Джон Шепард сформира екип за «първи контакт» , в който включва себе си, Родни МакКей, лейтенант Ейдън Форд и лидера на Атозианците - Тейла Емаган . По време на една от първите си мисии те се сдобиват и с още един враг в лицето на Дженаите - милитаристична човешка цивилизация с технологии на нивото от 1960 год. на замята. Сезонът завършва по време на обсадата на Атлантис от ескадрилата на Призраците.