Charlie, Lisa et Allie sont toujours en fuite. John a rétabli le contact avec la famille Clarke pour ramener la petite avec lui. Allie sait que les choses doivent se finir ainsi mais elle refuse de quitter sa famille. Sa mère n'est d'ailleurs pas prête de la laisser partir. John leur explique que les extraterrestres sont venus sur Terre pour étudier l'humanité. Jusqu'alors étrangers aux concepts du Bien et du Mal, aux émotions contradictoires qui assaillent les humains, John a découvert, en rencontrant Sally, qu'il avait en lui ces prédispositions en latence dans son cerveau. Les recherches effectuées depuis des années leur ont été nécessaires, tout comme ils ont besoin d'Allie aujourd'hui pour résoudre la partie manquante de l'équation qui leur permettra de faire un pas dans l'évolution... Mary et Wakeman pistent Allie grâce au signal qu'elle émet malgré elle... Lisa prend contact avec son oncle Tom pour qu'il les aide à se cacher...