Vingt-cinq ans se sont écoulés et l’histoire est transmise à une nouvelle génération. La guerre entre la Fédération de la Terre et les Vagans, qui étaient autrefois connus sous le nom d’UE, continue. Le commandant militaire de la Fédération, Flit Asuno, offre à son fils Asemu l’appareil AGE le jour de son 17e anniversaire. Juste à ce moment-là, la colonie d’Asemu, Tordia, est attaquée par les Vagan. Asemu se lance dans un Gundam caché pour protéger la colonie.