L'histoire commence avec Mario qui vit pour l'instant dans une vie paisible. Mario, malgré son incroyable petitesse, était bien traité par ses parents. Un jour, Mario se rendit compte qu'il ne grandirait jamais, il prit donc la décision de partir en voyage pour trouver sa place dans le monde. On donna au jeune Mario une aiguille à coudre pour épée. Il navigua vers le bas de la rivière mais par malchance fut emporté par un courant qui le mena jusqu’à la ville, où il fit rencontre de la princesse Peach. Il fut méprisé pour sa taille, mais elle décida quand même de l'accompagner comme son amie de jeu. Tandis qu'ils voyageaient ensemble, ils furent soudainement attaqués par Bowser. Il battit Bowser en le piquant de l'intérieur avec son aiguille/épée et s'enfuit. Comme récompense pour son courage, la princesse utilisa le pouvoir du maillet pour lui donner une taille normale. Mario et Peach restèrent des compagnons proches et partirent en navette volante.