Natalina è testimone involontaria dell'omicidio di un pizzaiolo, amico di Don Matteo. I Carabinieri decidono di metterla sotto copertura. Intanto Amanda torna a Gubbio decisa a riconquistare il cuore del Capitano. Dopo lo shock della notizia del fidanzamento di sua figlia Patrizia con il Capitano Tommasi, Cecchini decide di cogliere la palla al balzo diventando complice dell'ex fidanzata di Tommasi.