Naruto, Sakura e Yamato vengono attaccati da Kabuto che libera Sai. Quest'ultimo, a sua volta, blocca Kabuto e afferma di avere cambiato idea circa la conduzione della missione affidatagli da Danzo. Il ninja vuole capire in cosa consiste il legame fra Naruto e Sasuke. Kabuto rivela che il rifugio è pieno di trappole e di stanze e, in una di queste, c'è Sasuke. I quattro, allora, si dividono in due squadre e iniziano la ricerca.