Mentre Gibbs continua la sua terapia con il dottor Taft, il team si trova a dover risolvere un omicidio, legato al furto di una fornita scorta di fucili. Le indagini porteranno DiNozzo a incrociare nuovamente la sua strada con Jeanne Benoit, in quanto il principale sospettato è un uomo legato al trafficante La Grenouille, padre di Jeanne. Risolto il caso Tony cerca un chiarimento con la ragazza che gli chiede di uscire per sempre dalla sua vita, così da permetterle di essere felice.