Un marine di religione musulmana viene ucciso in una moschea ed è compito del team di Gibbs trovare il colpevole. Ducky però rifiuta di eseguire l'autopsia per rispettare le credenze religiose della famiglia. Nel frattempo McGee mentre sta per piazzare una cimice all'interno della moschea, scopre che ce n'è una già installata dall'FBI.