Mentre è ancora di stanza su una portaerei, Di Nozzo scopre che l'apparente suicidio di un tenente della Marina può essere collegato ad uno schema più grande e pericoloso. Si scopre, infatti, che l'ufficiale è stato ucciso giorni addietro e che qualcun altro ha preso il suo posto, minacciando di liberare dell'Antrace sulla portaerei. Gibbs e la sua squadra vengono inviati ad aiutare con l'indagine. Alla fine a Di Nozzo è permesso di tornare a Washington, nonostante l'opposizione del Direttore Vance.