Dopo la morte di Saizou, il nonno terribilmente severo di Kabamaru e iga ninja-sensei (insegnante), un'anziana signora Ran Akoko afferma di aver ricevuto una lettera da lui che le chiedeva di prendersi cura di suo nipote. Quindi Kabamaru scappa con Lady Akoko nella grande città di Tokyo per rimpinzarsi di yakisoba, ramen, chow-mein e frequentare una scuola normale che si rivela avere strane stranezze.