De Earth Forces hebben een ander schip van de Archangel-klasse in gebruik genomen, de Dominion; zijn enige missie is het vernietigen van de afvallige Aartsengel. Naarmate de eindstrijd nadert, is het mogelijk dat de mensheid zelf het slachtoffer zal zijn. Kira, Athrun en de anderen moeten een oorlog stoppen die beide partijen met genocide bedreigt!