Dr. Oki, de geniale wetenschapper die een nieuw type onderzeeër heeft ontworpen, ontbreekt. Zijn zoon, Susumu, ruikt een kwaadaardig plan van een onbekende groep. Hij weet alles van de onderzeeër van zijn vader genaamd 'Super 99': uitrusting, wapens, functies en capaciteit. Susumu denkt dat het vinden van zijn vader betekent dat je de geheime organisatie, Helmet Party, moet vinden en hun samenzwering moet stoppen. Met de hulp van zijn vrienden en het Korps Mariniers gaat hij op een onderwatermissie, niet wetende hoe gevaarlijk zijn onderneming is...