Een diverse groep rekruten arriveert bij de FBI-basis Quantico voor de opleiding. Deze jongvolwassenen worden hevig op de proef gesteld en de klas daalt geleidelijk in omvang, totdat enkel de beste kandidaten overblijven. Alex Parrish wordt geteisterd door vragen over haar overleden vader en zijn mysterieuze carrière als geheim agent, en hoopt bij de FBI antwoorden te vinden. Andere rekruten zijn de ex-militair Ryan Booth, de wees Shelby Wyatt, de Mormoon Eric Packer die een duister verleden herbergt, de eerste openlijk homoseksuele rekruut Simon Asher, de oplettende moslim Nimah Amin die een dubbelleven leidt en Caleb Haas, die in de voetsporen van zijn familie treedt. Een van hen wordt er van verdacht een aanslag op New York City te hebben gepleegd.