In het vijfde en laatste seizoen komen Kapitein Burnham en de bemanning van de U.S.S. Discovery die een mysterie blootlegt dat hen op een episch avontuur door de Melkweg stuurt om een eeuwenoude macht te vinden wiens bestaan opzettelijk eeuwenlang verborgen is gehouden. Maar er zijn ook anderen op jacht... gevaarlijke vijanden die wanhopig de prijs voor zichzelf willen opeisen en voor niets zullen stoppen om die te bemachtigen.