Alternatywna rzeczywistość końca XIX wieku. Czarny Zakon, organizacja zrzeszająca egzorcystów, toczy nierówną walkę z Milenijnym Hrabią, wspierającą go Rodziną Noah i jego mechanicznymi istotami zwanymi Akumami. Jednym z jego członków jest główny bohater, Allen Walker, posiadacz przeklętego oka pozwalającego mu widzieć cierpiące dusze zmarłych wykorzystanych do stworzenia Akum oraz służącej mu jako broń przeciw nim ręki, w której znajduje się jeden ze 109 fragmentów Innocence – niezwykłej materii jako jedynej będącej w stanie je zniszczyć. Wraz z towarzyszami musi stawić czoło rosnącemu w siłę złu.