故事从主人公乐阳和朋友们相识多年后的未来时空开始。这个时空高层建筑林立,先进科技无处不在,但气候变得非常糟糕。有人因不满科技发展导致的严重污染,利用高科技的小灵兽到处搞破坏,正直男孩小璘对此感到非常愤慨。父亲炎教授为免翼狮和小雄狮等小灵兽受坏人的利用和伤害,正准备把它们送回过去,此时掠夺者前来抢夺灵兽,和小璘一同进入了传送装置,回到乐阳所在的时空。乐阳发现了一道异样的闪光,他来到一个路口,遇上了凌岸、小璘和小灵兽们。凌岸认出了乐阳,并得知小璘在时空传送过程中暂时失忆,于是挑拨小璘使他和乐阳对立。两个时代的小灵兽们实力差距太大,灵空在较量中遭到重创,这让乐阳非常痛心。朋友们迅速找到乐阳,丹比和丹娜马上将灵空带回他们的时空帮助它恢复。