Pouhý den po záhadném skonu iluminátora Adelma najdou mniši mrtvé tělo dalšího ze svých řad. Tentokrát už však nemůže být pochyb o tom, že šlo o vraždu. A protože i druhá oběť má přímou vazbu na tajnosnubnou knihovnu, ve Vilému z Baskervillu (John Turturro) sílí podezření, že vrahův motiv se ukrývá právě tam. Opatův zákaz vstupu ovšem trvá a tak si Vilém s Adsonem musí vystačit jen s kusými indiciemi, aby odhalili četná tajemství mezi bratry. Zároveň se blíží zahájení sněmu mezi papežskými a císařskými vyslanci a přichází nečekaná zpráva, že debatu za Svatý stolec povede neúprosný Bernarda Gui (Rupert Everett). Navíc ho do opatství bude doprovázet početná ozbrojená stráž a vzhledem k jeho zaslepené touze očistit svět od heretiků se potřeba odhalit vraha před konáním sněmu stává ještě naléhavější.