Después de ayudar a los Autobots en una pelea contra un ejército de clones de piedra de Unicron, Megatron forma una difícil alianza con sus enemigos para derrotar a Unicron y salvar a la Tierra de la destrucción. Los Autobots y Megatron luego viajan al núcleo de la Tierra, planeando enviar de vuelta a Unicron a un estado de hibernación utilizando la Matriz del Liderazgo de Optimus Prime.