Grâce au programme mis au point par Hajime et Rei, Haru finit par retrouver Bootmon. Mais au moment de le mettre en sécurité, Yûjin ordonne à Shutmon de détruire Bootmon. Yûjin révèle alors qu'il n'est pas un humain, mais une intelligence artificielle créée par Léviathan pour collecter des informations...