Jonathan si comporta in modo strano e Clark sospetta che Jor-El sia implicato in qualche modo. Clark si reca alle caverne indiane per chiedere spiegazioni a Jor-El su cosa sta succedendo a suo padre, ma viene colto di sorpresa da Lionel il quale comincia a mettere insieme i pezzi del puzzle. Lionel si reca dal Dottor Swann e durante l'incontro scopriamo le vere intenzioni che si nascondono dietro l'ossessione di Lionel per Clark.