W Occultic;Nine spotkamy się z siedemnastoletnim Yuutą Gamonem, licealistą zainteresowanym nauką o zjawiskach paranormalnych oraz autorem bloga "Choujou Kagaku Kirikiri Basara", dotyczącego okultyzmu. Stronę tę śledzi również ośmioro innych specyficznych indywiduów krążących wokół tego tematu. Fabuła rozkręca się, gdy dziwnym zbiegiem okoliczności dziewiątce naszych bohaterów nagle zaczynają przydarzać się niedorzeczne sytuacje wykraczające poza zdrowy rozsądek. W konsekwencji mogą one doprowadzić do wydarzenia zaburzającego porządek świata.